2015年時点の計画

2012年10月に公表された「グループ経営構想Ⅴ～限りなき前進～」の中に「着席サービスに対するニーズの高い中央線等について、着実なサービス改善」を目指すとの記述があり、2015年2月に中央快速線、青梅線へのグリーン車連結に関する公式発表（PDF）がありました。翌月には、2016年度から東京総合車両センターで「中央快速線E233系グリーン車組込準備工事」を始める、との労組資料が明らかとなりました。この時点ではサービス開始時期は2020年度とされており、グリーン車は片開き扉のイラストとなっていました。

組み込み計画の変更（1回目）

その後、2017年3月に「駅工事などに想定以上の時間を要する」ためグリーン車連結が延期になるとの報道があり、2018年4月に2023年度末からサービスを開始するとの公式発表（PDF）がありました。この際、グリーン車のイラストは両開き扉に改められ、普通車、グリーン車へのトイレ設置が発表されました（詳細）。
バリアフリー基準では「便所を設ける場合は、そのうち一列車ごとに一以上は、車いす使用者の円滑な理由に適した構造」にしなくてはなりませんので、グリーン車にバリアフリー非対応トイレを設置する場合、普通車にバリアフリー対応トイレを設置しなくてはいけません。

209系1000番台の転入

トイレの設置改造は非常に時間を要する改造の1つで、床板の補強や貫通扉の処理、車体のバランスを取るための床下機器移設など、工事量は膨大です。
改造期間中の編成数の不足を補うため、青梅線からのH59編成の転入のほか、209系1000番台を2編成転入させました。（ただし、H59編成の転入後に新たに車体保全が始まっていますので、H59編成はトイレ設置改造期間中の予備だけでなく、入場予備を補完している可能性があります。）
これにより、離脱できる期間を延ばすことで、トイレ設置改造の工期を確保することになりました。

方面	東京 高尾 / 青梅 豊田車両センター所属中央快速線用209系1000番台
号車	1号車	2号車	3号車	4号車	5号車	6号車	7号車	8号車	9号車	10号車
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	クハ209 1000A ロング	モハ209 1000B ロング	モハ208 1000A ロング	サハ209 1000A ロング	モハ209 1000B ロング	モハ208 1000B ロング	サハ209 1000A ロング	モハ209 1000B ロング	モハ208 1000A ロング	クハ208 1000A ロング
形式詳細	詳細	詳細	詳細	詳細	詳細	詳細	詳細	詳細	詳細	詳細
主制御装置 （VVVF）	-	SC41D 菱 GTO	-	-	SC41D 菱 GTO	-	-	SC41D 菱 GTO	-	-
補助電源装置 インバータ部（SIV）	-	-	SC37B 洋 GTO	-	-	-	-	-	SC37B 洋 GTO	-
空気圧縮機 （CP）	-	-	MH3112- C1600SL	-	-	-	-	-	MH3112- C1600SL	-
その他	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

グリーン車組み込み準備改造（進行中）

2019年からグリーン車組み込み準備改造が始まっています。詳細はグリーン車組み込み準備改造の通りで、トイレの設置やSIVの増設、編成の組換えが行われています。
仮に2023年度末（2019年時点の予定）からの営業開始と同時であれば、準備改造の期間は、全編成の装置保全以上の定期検査が一巡するくらいのスパンになります。
装置保全以上の定期検査時の改造を基本としながらも、一部、検査時期が重複している編成は、定期検査以外での改造も実施されました。

TASC対応工事（進行中）

今回のホーム延伸では、12両化後のホーム有効長を最小限とするために、TASCを先行導入することが日本鉄道施設協会誌2019年1月号で明らかになっており、その前にTASCの対応工事を行う必要があります。
グリーン車組み込み準備改造と同時期の改造を基本に改造が進められていますが、一部編成は配置区所でも改造が行われています（編成表の編成ノート欄を参照）。

組み込み計画の変更（2回目）

2022年3月改正は利用状況を反映して、中央快速線の運用数が削減されており、209系1000番台の運用が減少するなどの影響が出ています。
2022年4月27日付の公式発表によると、「グリーン車両の新製計画が世界的な半導体不足の影響を受けており、2023年度末を予定していたサービス開始が少なくとも1年程度遅れる見込み」とされました。「半導体不足」がグリーン車そのものに影響しているのか、準備改造に影響しているのか、両方なのか不明ですが、2022年4月時点で2/3ほど進行していた準備改造は、ペースダウンすることも可能な状況となりました。