4時50分ごろに車両基地から守谷駅を結ぶ入出庫線で、架線が凍結して電気の供給が停止しているところに回送電車が入線し走行ができなくなりました。5時半には上り区間快速に充当されていた第66編成も、電気の供給が停止したため柏たなか駅で緊急停車しました。これも架線凍結が原因と思われます。両編成とも電気系統が故障したため、電気供給再開後も走行が出来なくなりました。
入出庫線で故障した編成は幸いにも車庫の近くだったため、7時前には車庫内に収容され、車庫から本線への出区が出来るようになりました。守谷以北への出区が可能になったため7時10分に守谷以北の下りが運転を再開しました。柏たなか駅で立ち往生した編成は応急処置を行った後、7時半ごろに流山おおたかの森駅上り副本線に収容されました。これにより7時40分ごろに上り列車の運転が再開されました。その後7時50分には全線で営業が再開されました。
流山おおたかの森駅に収容されていた第66編成は9時前に八潮まで回送され、運用の乱れで八潮に留置されていたTX-1000系、TX-2000系各1編成と共に、昼過ぎまで留置されていました。その後3編成とも車両基地まで回送されました。
今回のダイヤの乱れで、常磐線、関東鉄道、東武鉄道などで振り替え輸送が行われました。もちろん開業後初めてです。